自然资源和规划分局设置科室数量为11个，分别为:办公室、法制科、自然资源利用科、耕地保护科、自然资源确权和地籍档案科(城建档案馆)、规划编制科、建筑规划科、市政规划科、土地储备中心(文物保护科、国有土地征收办公室)、不动产登记和房地产交易中心、行政审批和服务科。